Il PNIR è parte integrante del Programma Nazionale per la Ricerca (PNR) che assegna alle Infrastrutture di Ricerca (IR) il ruolo di fattore abilitante e prevede un investimento sulle IR, riconosciute come strumento principale con il quale sostenere ulteriormente la ricerca di base
Il Programma si occupa delle Infrastrutture di Ricerca così come definite in sedi europee e, in particolare, dallo European Strategy Forum on Research Infrastructures (ESFRI). Le IR, in quanto promotrici d'innovazione tecnologica e potenziali fornitrici di competenze ad alto livello, sono di supporto alle linee di indirizzo strategico del Paese contenute nel PNR e nella Strategia nazionale di Specializzazione Intelligente (SNSI).
Inoltre, il PNIR assolve il compito di rispondere alla condizionalità ex-ante per l'utilizzo dei Fondi Strutturali e d'Investimento Europei (Fondi SIE), così come richiesto dalla Commissione Europea, identificando il metodo di selezione delle IR prioritarie, in modo da poter implementare specifiche progettualità coerenti con le strategie nazionali e permettendone il finanziamento con Fondi SIE.
Il PNIR, quindi, incide sul sistema della ricerca, offrendo ai ricercatori impegnati nel settore pubblico e nel privato la possibilità di contare su strumentazioni e infrastrutture di livello competitivo per affrontare non solo le sfide scientifico-tecnologiche, ma anche quelle economiche e sociali, migliorare la qualità complessiva della ricerca italiana ed incrementarne la competitività nello scenario internazionale.